请教：为什么生成的Makefile中总是有重复的内容呢？

是不是哪个用来生成Makefile的文件代码有问题？

是的，Qt的tmake软件的算是bug吧。
论坛中已经有TQ2440的粉丝做了一个消除重复内容的程序，你可以下载了试试。搜索一下论坛就可以找到该帖子了。